魔法――かつて第三次世界大戦の中で《大魔法師》によりもたらされた新技術。
そんな魔法の研究機関が集う人工島《武蔵》の魔法師養成のためのエリート校・武蔵学園に、ある少年が入学する。名門・焔魔家に生まれながら捨てられた“無能”であり、《大魔法師》アリアに育てられた最愛の“息子”――無道袮音。アリアの教育の甲斐あって、袮音は学園でめきめきと頭角を現していく。しかし順風満帆と思われた彼の学園生活は、かつて自分を捨てた焔魔家との因縁や、家族の仇を追う少女・暗条冥との出会いにより波乱万丈なものとなっていき……!?