エミメントと呼ばれる科学武装の遣い手を育成するための教育機関、
船上学園都市フィレミニウム。
エリートが集うこの学園に、ふたりの転校生がやってきた。

ひとりは適合者がいないとされていた
エミメント《電眼》と機械義手を持つ少年、吉花電司。
電司は学園内で行われるバトルリーグの日本代表となり、
優勝報酬で世界規模の電脳クライシスによって意識が戻らなくなった妹を救おうとしていた。

もうひとりは、中学チャンピオンで財閥の一人娘である柳星月姫。
運命的な出会いを経て、切磋琢磨するふたりだったが、
電司の妹が遭った事故の一端に月姫が関わっていることが判明し──。